@Daniel Assad eu publiquei a um tempo sobre esta questão.
O frete na B2W funciona da seguinte forma:
Quando o cliente solicita o cálculo do frete, a B2W realiza uma consulta na VTEX através da API. Caso não retorne um resultado em 800ms a B2W calcula o frete através da planilha de contingência cadastrada no portal deles.
Tanto via API quanto pela planilha de contingência, por padrão, a B2W irá puxar sempre o frete mais em conta.
Caso queira disponibilizar um outra forma seria necessário criar uma doca exclusiva na Vtex e configurar o frete da maneira que desejar. Porém ele continuará buscando sempre o valos mais em conta para a faixa de CEP solicitada.
Logo ele irá só trazer uma opção de frete para os clientes, que é a mais em conta.
Para você verificar a origem da solicitação que está sendo realizada, sugiro que abra um chamado na SkyHub, lá eles conseguiram verificar que, diferente do que eu achava, as solicitações estavam sendo feitas pela Vtex mesmo. E não pela planilha de contingência.
@Daniel Assad justamente por isso que aconselho a abrir um chamado com a SkyHub. Só eles conseguem verificar se há algum problema com a integração entre suas loja e a Vtex.