Estou buscando as categorias atraves da url ...vtexcommercebeta.com.br/api/catalog_system/pub/category/tree/5/, tem como essas categorias ja virem ordenadas em ordem alfabetica e sua subcategorias tambem?

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Acredito que não... há um motivo para não voltarem em ordem, porém não vou saber lhe informar agora.

A VTEX orienta que a árvore chegue até um terceiro nível, seria interessante rever sua categorização.