A tempos isso já acontece! Quando um produto esgota, ao invés do mesmo ir para o fim da categoria, ele fica no final da primeira página, dando a entender para os consumidores que nas páginas seguintes só existirão produtos esgotados, jogando para baixo nossa conversão. Demorar dias para isso atualizar, aqui mesmo, estou com 2 produtos no fim da primeira página desde ontem e nada se irem para o final da categoria.
@Marcos Magalhães tive o mesmo problema em um cliente na data de ontem 25/07, fizemos a reindexação total da base e hoje o cenário normalizou, acho que vale a pena fazer esse teste.