Oi, Fernando, tudo bem? 
Estamos revendo os tópicos mais relevantes/visitados da nossa comunidade e, por isso, reabrimos sua pergunta. Assim, caso outros usuários tenham a mesma dúvida, é possível consultar a nossa resposta oficial!
Primeiro, vamos à alteração do logo em CMS. Irei colocar um passo a passo abaixo:
- Entre em Layout, no módulo de CMS.
- Depois, clique no repositório CMS.
- Selecione a pasta Files Manager.
- Então, clique em Imagens.
- Para fazer upload do seu logo, vá em +Add e selecione o seu arquivo.
Assim, você deve ir aos seus HTML Templates, então, Subtemplates e escolher “Header”. Onde está a imagem de logo antigo ou padrão, você deve substituir por “/arquivos/nomedoarquivodologo”. Depois, é só salvar o Template, no canto superior direito e aguardar alguns minutinhos para as mudanças refletirem na sua loja.
Já para alterar as cores, você deve:
- Acessar {{account}}.myvtex.com/arquivos/style.css.
- Copiar o código no seu Bloco de Notas e editar as cores.
- Depois, deve salvar com o nome style2.css, por exemplo.
- Em seguida, você deve subir esse arquivo no Files Manager aonde constam os arquivos CSS.
- Por último, você deve trocar o arquivo anterior pelo novo, no Subtemplate commonStyles.
- Salve o Template, no canto superior direito.
Qualquer dúvida, estamos à disposição! 
Clarissa Rodrigues | Customer Excellence