Não é possível excluir um produto mais, só é possível excluir todos de uma única vez, nada parcial.
------- Comentário VTEX -------
Apenas para complementar o que é trazido pelo Nathan, uma vez que o produto criado na loja tenha alguma referência a outra área do sistema (o que é bastante comum), não é mais possível excluí-lo da base. Por este problema, a gente sempre indica não a exclusão, mas que o produto seja inativado mesmo. Isto você pode realizar massivamente por planilha ou API. Neste HELP, nós comentamos sobre este processo de inativação massiva de SKUs, dá uma olhadinha!