@Sergio de Paula a VTEX sempre lista os produtos esgotados por último.
Cliquei no último produto da prateleira(Sandália Prata Alumínio) e ela possuí estoque na variação 43.
Se o produto em questão tiver estoque em qualquer variação, o sistema entende que ele possui estoque, afinal seu cadastro de produto possui variação e não produtos únicos.
Não há o que fazer neste cenário, essa é a forma padrão de apresentação de produtos.
O que estava acontecendo é que um produto que estava disponível APENAS no 41 aparecia quando você filtrava para aparecer somente produtos 43. Ele não tinha qualquer tipo de variante.
Engraçado que após uns 20 dias com vários problemas, magicamente após eu postar aqui, muita coisa se resolveu rs.