Cadastrei produtos com 9 variações(sku) e preciso alterar a imagem principal do Produto na vitrine que pegou do primeiro Sku cadastrado, tentei alterar $product.GetImageTag colocando a tag, mas some todas as imagens. Existe alguma forma de fazer isso?

Você pode cadastrar uma label na imagem e através da tag:

$product.GetImageTag(400,300,'nomeDoLabel')

Onde 400 é a largura da imagem, 300 a altura e o último campo o nome do label que escolheu.

Detalhe: Caso algum produto não tenha essa label, na prateleira não vai carregar nenhuma imagem, utilizaria isso em último caso mesmo.

Realmente fiz isso e acabou não carregando, vai ficar inviável ter que alterar quase 5000 produtos pra esse caso.