Oi @mfernandes, talvez essa resposta te ajude a resolver o seu problema:
Mas vale entender com a agência que fez essa customização para vocês como fizeram e, se possível, se eles têm o código-fonte para compartilhar com vocês.
Isso é importante pois não fazemos backup dos arquivos do checkout das lojas. Então é importante que vocês façam essa gestão do código, para que ele não se perca por alguma falha humana.