Essa ordenação dos SKUs seguem o padrão pelo ID criado de cada um. Ou seja, em ordem crescente, o SKU que você queria mostrar primeiro deveria ter o ID SKU com valor menor.
Minha sugestão
Eu creio que o melhor jeito agora seria você criar uma ordenação personalizada usando JavaScript na página do produto.
Sugiro contactar uma agência ou uma pessoa com conhecimentos técnico de desenvolvimento para executar a demanda.
Oi @erbsutil, tudo bem? Pelo que vi no link compartilhado, a loja em questão foi desenvolvida no Store Framework (VTEX IO) e usa o componente SKU Selector.
Pelo que observei no código-fonte, parece que não há nenhuma diretiva explícita para esse seletor seguir a ordem definida no catálogo por padrão… E também não há configuração/prop que permita que essa ordem seja seguida.
No entanto, encontrei esse PR recente que pode ajudar:
Com a prop nova criada pela @rebeca.camargo, será possível ordenar os SKUs alfabeticamente. O que poderia ser feito é criar algo parecido, mas que consulte a ordem definida pelo catálogo na hora de ordenar os SKUs exibidos.