Quais serviços você precisa integrar?
Para uma transportadora funcionar na VTEX, o essencial é que seja cadastrada uma planilha de frete na loja:
https://help.vtex.com/pt/tutorial/como-montar-a-planilha-de-frete--tutorials_127
Se você precisar integrar rastreamento de pedidos, isto normalmente é feito na etapa de faturamento, junto à emissão da nota fiscal:
https://help.vtex.com/pt/tutorial/cadastrar-rastreio-na-nota-fiscal
É possível fazer isso automaticamente via integração por API, mas isso exigirá algum esforço de desenvolvimento:
Se você pretende fazer essa integração para qualquer loja poder usar, recomendo tornar-se parceiro VTEX: