Vocês criam o projeto já organizado 100%
Ou codificam e depois o fazem a fatoração do código.
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Minha cabeça funciona de maneira caótica. Eu tento criar o mais organizado possível pra que eu mesma consiga entender depois, faço anotações em blocos de nota ou .md, salvo trechos de código em comentários
Depois que funciona, começo a excluir a bagunça e arredondar o código. Refatoro ele todo só se percebo que há necessidade e se houver tempo.
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Trabalho com a organização em pastas, classes e nomeação de arquivos na forma mais intuitiva possível, até os nomes de variáveis precisam ser alterados se eu percebo que elas não ficaram tão claras sobre o que representam no sistema.
Faço isso durante o desenvolvimento, pois quando o sistema é extenso fica inviável finaliza-lo e só depois vir refatorando com as melhorias. 
Oi @LucasLinsBoni,
Vale muito a pena ao menos escrever umas linhas de anotações definindo blocos antes de codificar, para organizar o pensamento. Para mim foi muito útil usar o draw.io para fazer diagramas de classes por exemplo. Compensa o trabalho porque ficamos com a visão geral das relações entre elas e podemos decidir melhor os passos a serem dados.
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A separação das pastas eu já faço enquanto crio, componentizo o que vai ser reutilizado, e o que não quero “jogado no projeto”
Os códigos que posso/consigo melhorar, só no final.
Eu vou criando e quando vejo que está muito grande um arquivo eu vou organizando… Estou procurando sempre utilizar os padrões que a comunidade utiliza (tem vários vídeos no yt que explicam os padrões de pastas de determinada tecnologias)
Tem uma “coisa” em mim que quando eu estou escrevendo exatamente a mesma cosia pela segunda vez, eu tenho q parar e criar alguma forma de reutilizar esse código.
Acho que no primeiro momento, nas fases de aprendizagem, a “desorganização” em algum momento acaba forçando a buscar melhore praticas, o proprio projeto, por mais simples que seja, pode acabar exigindo uma melhor organização.