É possível disparar um e-mail transacional diferente na Vtex para um mesmo gatilho? Por exemplo, "pedido enviado" para uma transportadora específica vai uma comunicação e para as demais uma outra comunicação padrão.

Você poderia utilizar o VTEX HOOK para isso:

http://help.vtex.com/pt/tutorial/data-entity-hooks

Agora é possível realizar triggers em qualquer etapa dos pedidos utilizando o MASTER DATA V2.

Porém não existe uma interface para o usuário, logo será necessário que uma agência ou um profissional qualificado faça tal operação.

Fora isso, você teria que desabilitar no MESSAGE CENTER esse template padrão.