Oi Reginaldo, é possível fazer esse mesmo processo via API, olha:
A API que faz atualização de faturamento parcial é uma API do tipo PATCH, isso quer dizer que ela só vai atualizar os campos que você enviar nela. Os outros campos, enviados no passo anterior, permanecem inalterados.
Recentemente eu escrevi um tópico sobre esse assunto aqui para a community que pode te ajudar também: Dúvidas Frequentes: Como faturar um pedido e enviar as atualizações de rastreio? | Como fazer integração de faturamento e rastreio com marketplaces?
Caso a sua dúvida seja se é possível manter as informações de mais de uma nota fiscal no pedido, como invoiceNumber, invoiceKey e invoiceUrl, a resposta que eu tenho para te dar é que infelizmente não.
Karina Mota
Field Software Engineer | VTEX