Olá!
Busquei alguns precedentes do meu lado, que afetaram outros clientes e parcerios, e alguns passos que serviram para resolver este problema foram:
1- Rodar o comando vtex setup na pasta raíz do app. Isso automaticamente adicionará informações do manifest.json ao arquivo react/package.json
2- Deletar os arquivos yarn.lock / package-lock.json e rodar novamente o comando yarn na pasta raiz e na pasta react