Oi, pessoal!
Consegui analisar o caso do @Leandro Domenico e encontrar o que estava gerando problemas do nosso lado. Estamos atuando no cenário.
O caso dele é exclusivamente para cupons limitados a determinado tipo de frete, especificamente quando ele não é o de menor preço (que acaba sendo pré-selecionado), de modo que o checkout diz não aceitar o cupom, mas aplicou o frete grátis nessa transportadora específica.
Se alguém tem um caso diferente, só me informar qual o chamado que foi aberto para eu rever por aqui. =)