Vejo isso sendo possível, 100%, através de politicas comerciais diferentes.
Políticas comerciais permitem diferenciar condições de venda para lojas que atuam como marketplaces, para lojas que atuam como sellers, para lojas com ecommerce próprio, lojas físicas, ou lojas B2B, por exemplo.Também enxego como a forma mais adequada para o cenário que você descreveu.
Para saber mais sobre essa questão, você pode dar uma olhada no artigo sobre Política Comercial que está no Help Center.
Essa alternativa possui algumas taxas mas é a solução viável para o seu caso.