Entendo Micael, porém tudo que é de valor do pedido que passa pela VTEX é cobrado uma porcentagem.
O frete quem cobra do cliente é o ML e não teria sentido isso aparecer no painel da VTEX.
Entendo que na visão do seu negócio ou até de outros lojistas sim, porém a plataforma não ganha nada com este frete e por isso nada dessa informação aparece dentro do pedido.
Entendo também que é apenas o ML que realiza dessa forma mas não vejo outra saída a não ser utilizar uma ferramenta de conciliação ou verificar manualmente os valores que estão dentro do painel do ML e adicionar na NF.
Não é de responsabilidade da plataforma a emissão de NF, você apenas informa o número e seu valor, logo o seu ERP ou inserindo manualmente pelo admin da plataforma você adiciona os valores da nota.