Estou fazendo uma modificação no site e preciso injetar jQuery/html/javascript para tal. Onde consigo editar o layout do <vtex.cmc:orderList/> ?
Você não conhece o módulo CMS?
http://help.vtex.com/pt/faq/o-que-e-o-cms
Sim, conheço. Gostaria de saber se consigo personalizar os controles nativos.
Não há como personalizar os controles nativos.
O que você pode fazer é personalizar o TEXTO de algumas áreas, através de CATALOG > CONFIGURAÇÕES > TEXTOS.