Tínhamos um departamento X como superior de todas as outras categorias abaixo dela. Porém, decidimos retirar essa X como pai, e deixar as categorias como departamentos de fato, então, o X virou departamento junto as outras que o acompanhavam.
Subi a planilha novamente alterando os ids de departamento dos produtos porém não atualiza. Segue com o ID do departamento pai antigo X.
Não. O indexador não interfere na base. Apenas no indexador que é um espelho da base.
Mas, voltando a sua questão, você diss "está ultimamente com erro". Não está com erro. Nunca funcionou como você quer.
O departamento na planilha é um campo "Não alterável". Abra o campo inteiro da coluna AI e vai ver o nome "_IdDepartamento (Não alterável)". Todos os campos que tem o (Não alterável) é porque não é possível alterar por planilha.
A mesma informação você ve na tela de importação conforme o print anexado aqui.
Para alterar um depto de produto, faça manualmente ou por API.