Bom dia! Existe um ambiente de testes para que eu faça alterações do meu layout sem que essas alterações subam para o ambiente de produção? Neste Ambiente eu posso também alterar a minha estrutura de alguns códigos em HTML nas minhas templates?

Leia a documentação:

https://help.vtex.com/tutorial/como-validar-um-layout-antes-de-ir-para-producao?locale=pt

Todo cuidado é pouco para não colocar como página padrão(default).

Se precisar fazer alterações de .css, js faça override , assim você considera seus arquivos locais.

abs