Bom Dia ! Gostaria de saber se tem uma opção aonde flegamos e os clientes consigam finalizar seus pedidos utilizando somente pagamento online.

Pois em minha empresa atendo várias cidades vizinhas, porém temos muitos problemas em relação a pagamentos como dinheiro ou débito e crédito em casa. As vezes os clientes não tem o valor para pagarem suas compras no ato da entrega e acabamos perdendo tempo de separação, tempo na entrega.

É possível através de um script customizado realizar essa opção, porém de forma nativa, apenas com configurações da plataforma, não.

Essa customização realizo através do Master Date ?

Também é possível utilizando o Master Data

Qual script eu faço está modificação ?

Você precisa construir esse script customizado.

Já conversou com a agencia que implementou a sua loja?