É impossível vender um sku sem estoque, então da para considerar que ele é "pausado" sem precisar mudar nada no seu site.
Mas, se você está querendo que ele não apareça no site, então na tela de produto, desmarque a opção "Exibir produto esgotado".
Agora se você tem skus desse produto ainda ativos e quer apenas esconder esse sku esgotado, então será necessário um script js. Alguns passos dependendo do seu layout:
- verificar dataLayer a opção skuStocks
- o que estiver zerado, colocar display:none no LI respectivo do sku.