Não temos problemas com o pagamento desse tipo de cartão porém quando há necessidade de estorno tem sido complicado pois não aparece para o cliente.
Não entendi a parte de "pois não aparece para o cliente".
O que exatamente não aparece? Onde?
o estorno, quando realizado, o cliente não consegue identificar pois ele é pré-pago.
Acredito que isso precisa ser visto com o banco do cartão pré-pago, não vejo como um problema da VTEX.
Para minimizar o seu problema, não seria possível criar um cupom para o cliente utilizar na sua loja?
Pensei numa forma que do mesmo modo que libero o uso de um determinado cartão como o master ou visa, eu pudesse identificar o bin e bloquear