No caso já temos a loja 1 ativa e iremos subir a loja 2 dentro do mesmo ambiente, iremos comercializar produtos da loja 1 na loja 2.
Como funcionaria a questão da categorização para está loja 2, levando em consideração a questão da estrutura das categorias e a parte do SEO (Title, Description etc..)
Willian utilizamos esse formato uma vez, onde os produtos eram diferentes e não poderia ser comercializados na outra loja, nesse cenário criamos uma categorização diferenciada, onde preenchemos todas as informações e marcamos em qual loja o produto iria aparecer, dentro do cadastro de produto.
Os produtos que serão comercializados na outra loja acredito que você vai precisar só marcar ele, não havendo necessidade de criar a categorização novamente.
No caso a loja 1 compartilha produto com a loja 2, mas a loja 2 não compartilha com a 1, nesse cenário todas informações da categoria da loja 1 não iria ser replicadas na loja 2?
Caso isso venha a acontecer, como poderíamos tratar a questão do title, description, alguns textos dentro da categoria que temos que tem informações exclusivas da loja 1.
Não tem como pelo admin separar metatags de acordo com a loja.
Você teria que realizar uma customização via script e placeholders, mas possivelmente terá alguma complicação no caminho.
Se quer descrições e conteúdos diferentes, o melhor cenário seria um novo ambiente, não o mesmo.
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Quando você configura uma loja, você tem que informar qual política comercial aquela loja irá usar, então com relação à isso, fique tranquilo, os produtos da loja 1 ficarão nelas, assim como a loja 2 também só exibirá o catálogo que você deseja vender nela.