Como posso configurar "retirada em loja" e "frete gratis" pois quando habilito os dois o frete gratis deixa de aparecer no checkout para o cliente

Não entendi muito bem o que você quer.

Você quer que o retirada em loja seja grátis?

Caso sim, basta subir a planilha de frete com as faixas de cep com valor absoluto 0.

Nathan, eu tenho frete grátis pra Sul e sudeste pra pedidos acima 150 reais. Criei a retirada na loja física (sem frete) e quando habilíto a retirada em loja o frete grátis pra Sul e sudeste deixa de aparecer no check-out para o cliente.

Nunca tive esse problema... sua loja tem o checkout customizado?