API query to check if a customer is already registered in the store

Como verificar via api se um cliente já possui cadastro na vtex?

você vai estar com chaves de acesso?

Se sim, você pode consultar o masterdata
ex: https://{{account}}.vtexcommercestable.com.br/api/dataentities/CL/search?email={{email}}&_fields=userId,email
ref: Search
não esqueça de adicionar os headers.

Já tentei essa possibilidade, mas o registro não é encontrado.

Quando um usuário cria uma senha (se loga pela primeira vez) já é criado um documento no master data referente a esse usuário? Ou tem que mandar uma requisição para criar também esse documento no master data?

Se existe uma senha, sim.
Existe o usuário dentro do MasterData,
o que pode acontecer é ir pelo smartcheckout, colocar os dados e não finalizar a compra.
Se ir pelo smartcheckout e não finalizar o pedido o usuário não é criado.

Qual foi o fluxo?
se puder compartilhar o account e o email?

eu dou uma olhada aqui.