Olá @wanderson como vai?
Não e possível deletar somente 01 categoria, apenas inativá-la ou reutilizá-la (mudando o nome)
A única maneira de deletar categorias, e por meio do full-cleanup (https://help.vtex.com/pt/tutorial/manutencao-de-base-full-cleanup--34P9LGs7BCIQK6acQom802)
Nesta página, é possível limpar o catálogo e reiniciar o indexador, retirando todos os produtos da sua loja.
Lembrando que, esse processo e bem delicado e só usamos em último caso, pois ele limpa toda a minha árvore de categorias.
Espero ter ajudado, abraço!