Te respondi via ticket com mais detalhes, mas deixarei o que ocorre caso alguém esteja enfrentando o mesmo cenário.
Após realizar as configurações encaminhadas era para ter resolvido o cenário (a doc fala também do ajuste de lojas em IO), no entanto, sua tem a PDP customizada que arredonda o valor do produto gerando essa divergência, então você deve solicitar o ajuste dessa questão junto a sua agência.