Embora exista a opção “Excluir” no Admin, não temos como excluir produtos e SKUs. O correto é inativá-los.
Para inativar produtos ou SKUs basta que você desflague a opção “Ativar se possível” dentro do SKU, como é descrito nessa documentação:
Caso não queira visualizar os produtos inativos da loja, você pode filtrar apenas pelos produtos ativos. Seguem imagens:
O que acontece é que, uma vez que o produto em questão tenha alguma referência à outra área do sistema (o que é bastante comum), não é mais possível excluí-lo da base! 
Essa informação está descrita na documentação: Como excluir um produto da loja | VTEX Help Center
Por isso recomendamos a inativação dos produtos.
Caso a inativação não seja uma opção, você pode reaproveitar o ID desses SKUs e produtos ao alterar os seus nomes. Sendo assim, você pode utilizar o mesmo ID para um outro produto.
Para mais informações sobre como inativar produtos em massa:
Dúvidas Frequentes: Como excluir itens do catálogo em massa? | Como excluir SKUs em massa? | Como excluir Produtos/SKUs do catálogo?