@Rodrigo Soares , se não me engano, o método StockKeepingUnitComplementInsertUpdate poderá atendê-lo. Já o utilizei para inserção de produtos similares, como no exemplo abaixo. Apenas não sei precisar como seria o valor do complementType, talvez Acessory ou algo parecido.
Pra remover, eu tentaria ou enviar nulo o array, ou eliminar esse campo da requisição.
<soapenv:Envelope xmlns:soapenv="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" xmlns:tem="http://tempuri.org/" xmlns:vtex="http://schemas.datacontract.org/2004/07/Vtex.Commerce.WebApps.AdminWcfService.Contracts" xmlns:arr="http://schemas.microsoft.com/2003/10/Serialization/Arrays">
<soapenv:Header/>
<soapenv:Body>
<tem:StockKeepingUnitComplementInsertUpdate>
<!--Optional:-->
<tem:objStockKeepingUnitComplementDTO>
<!--Optional:-->
<vtex:ComplementType>Similarly</vtex:ComplementType>
<!--Optional:-->
<vtex:StockKeepingUnitComplements>
<!--Zero or more repetitions:-->
<arr:int>1111426</arr:int>
</vtex:StockKeepingUnitComplements>
<!--Optional:-->
<vtex:StockKeepingUnitId>1111423</vtex:StockKeepingUnitId>
</tem:objStockKeepingUnitComplementDTO>
</tem:StockKeepingUnitComplementInsertUpdate>
</soapenv:Body>
</soapenv:Envelope>