Existe alguma forma de colocar uma opção no checkout de "retirar na loja?". Queríamos dar essa opção para o cliente, colocar um select com as lojas que aceitam ser retiradas lá. é possivel?

Para configurar retirada na loja: http://help.vtex.com/pt/tutorial/configurar-pontos-de-retirada-pickup-points

Porém não aparecerá da forma que quer.

Para isso você vai ter que criar um script customizado.

@Nathan Prestes​ neste link não aparece o exemplo. Como que ele exibe para o cliente essa opção? Dá pra ele escolher no site?

Aparece como uma opção de transportadora.