Olá @Renata Arruda
O limite de SKU depende de alguns fatores como quantidade de informações que tem em cada SKU (especificações,atributos) mas geralmente fica em torno de 50 mesmo!
Não é possível aumentar a quantidade e isso também impactaria negativamente na indexação de todos os outros produtos.
No geral é bem difícil ter um produto que tenha mais de 50 Sku's, normalmente da para se trabalhar com filtros ou mesmo quebra-lo em vários produtos diferentes, compartilha com a gente qual o seu produto para que possamos ajuda-la.
Abs