Gostaria de adicionar uma imagem/banner na minha loja, com um link externo para pesquisa, porém este site (url) teria que receber como parâmetro o e-mail por exemplo do usuário logado na loja. Como adicionar no href o controle <vtex.cmc:EMAIL/>?

Não tem como, você vai ter que desenvolver um script customizado para isso

Ok Nathan, agora no script que variável/controle eu busco no código?

Você tem essa informação no dataLayer, você tem essa informação consultando a api:

/no-cache/profileSystem/getProfile

Saberia me informar quais campos retorna nesta API, e se há alguma documentação?