Olá Marcelo, não creio que a documentação vá resolver esse problema especificamente, mas vale compartilhar um material feito pela VTEX recentemente sobre GA: Divergência de transações VTEX - Google Analytics - Community and Ecosystem / Share your knowledge - VTEX Community
Sobre seu caso, não sei precisar, mas o que fiz em casos similares foi navegar com o GTM no Preview Mode, e investigar o console para tentar entender qual tag especificamente estava enviando a informação. Não é fácil, é um trabalho minucioso. Talvez você possa pausar algumas tags e testar hipóteses também.