Seria basicamente usando o "$Product.InsertSku". Existem outras maneiras para fazer isso além do controle (principalmente por API/Ajax). Mas em todas você vai ter também um trabalho de Javascript
Desse maneira terá que utilizar a API para varrer produto a produto para escrever as informações que precisa. Vai ficar mais demorado o carregamento da sua página.
Estou tendo um problema parecido, ja cadastrei as variações do meu sku, mas não aparece na minha vitrine do produto, apenas aponta um erro, de que é preciso selecionar um modelo, conforme na imagem abaixo.
Já esta configurado o comando skuSelector nos meus arquivos .js, e já esta configurado as variações de sku mas não encontro o erro