Bom dia, Paulo!
Basicamente você pode enviar os dados diretamente do seu ERP para a VTEX. Nós temos aqui na comunidade um artigo que fala sobre esse assunto, de como fazer esse faturamento e enviar todos os dados necessários diretamente do seu ERP para a VTEX. Pelo seu relato, imagino que alguma informação esteja faltando na hora de enviar o faturamento diretamente do seu ERP para a VTEX e que essa informação seja passada para a VTEX pelo Refact, ou somente após o faturamento nele.
Vou deixar aqui o tópico da comunidade que fala sobre o assunto: Dúvidas Frequentes: Como faturar um pedido e enviar as atualizações de rastreio? | Como fazer integração de faturamento e rastreio com marketplaces?
Recomendo que você cheque com o seu ERP se todos os campos necessários estão sendo preenchidos no envio do faturamento para a VTEX ou se isso só está sendo feito após o faturamento na Refact, tudo bem?
Cabe ressaltar que o campo responsável pelo envio do XML é o campo embeddedInvoice:
Karina Mota
Field Software Engineer | VTEX