Oi, @carolina2 ! Tudo bem? Espero que sim! 
Estamos revendo os tópicos mais relevantes/visitados da nossa comunidade e por isso, reabrimos a sua pergunta. Temos um tópico criado na Community que revisa cada passa da integração entre lojas VTEX, além de trazer um erro super comum que repercute na integração de estoques zerados, algo trazido por você nesta thread, dá uma olhadinha: FAQ Integração VTEX-VTEX.
Após revisar todos estes pontos, e garantir que toda a configuração esteja correta, se a integração ainda apresentar problemas, de fato pode ser interessante ser aberto um chamado para realizarmos uma investigação mais profunda.