Você precisa cadastrar os custos diretamente na plataforma, é totalmente inviável pensando em performance a plataforma consultar APIs externas para ter o valor de frete dos produtos.
Afinal, se essa API externa estiver com problemas o cliente final não consegue realizar uma compra.
Entendo que poderia ter as duas formas, mas hoje só é possível realizando a importação de valores de frete via api ou por planilha pela plataforma