Boa Tarde!
@VInicius Fonseca conforme diz na documentção: http://help.vtex.com/pt/faq/como-funciona-split-de-pagamento-com-sellers-diferentes será apresentada a forma comum entre os sellers, melhor cenário é que ambos tenham as formas de pagamento em comum.
Lembrando que não tem split de pagamento para boleto.