Não sei se chegou a encontrar a mensagem abaixo do @dante.chacon detalhando o funcionamento da priorização do estoque:
Então considerando que a VTEX sempre escolhe o frete mais ventajoso e o “time spent” da retirada em loja é normalmente zero, talvez como o frete da loja principal sempre tem um “time spent” maior, pode ser que a prioridade acaba sendo da retirada em loja sim.
Mas só fazendo testes mesmo seguindo a recomendação do Dante.