Olá Huanderson! 
Estamos revendo os tópicos mais relevantes da nossa comunidade e, por isso, reabrimos a sua pergunta.
Ao fazer a migração para o IO, a customização do front é feita via Store Framework, que trazem outras funcionalidades como o Site Editor, ao contrário do módulo CMS. Portanto, ao migrar para o IO, automaticamente todas as customizações que foram feitas via CMS não serão mais refletidas na loja em produção, apenas o que estiver desenvolvido através do Store Framework. Caso não tenham nada desenvolvido ainda, pode sim haver quebra do seu front 
.
Para resolver isso, algumas lojas optam por criar uma outra account e migrar apenas esta para o IO ou criar um workspace de desenvolvimento e migrar apenas estes workspaces para o IO (o workspace vai “copiar” as configurações da account master, mas será um ambiente apenas para testes, e as modificações feitas por lá não causarão impacto na loja em produção). O workspace pode ser criado pela própria agência. 
*Para criar workspaces, é necessário que você tenha instalado alguns componentes na máquina. Este passo a passo segue detalhado aqui:
Configurações básicas para desenvolver no VTEX IO
Sobre sua segunda dúvida, sim, é possível voltar a loja para sua versão anterior, neste caso precisaríamos apenas alterar sua edição para o Business Edition, que ela voltará a renderizar o código no CMS legado.
Por fim, a migração para o IO (tanto da account master, de uma account criada ou do workspace) deve ser feita internamente aqui na VTEX. Portanto, é necessário que você abra um chamado com nosso suporte:
Abrir chamados para o suporte VTEX
Se quiser saber um pouco mais sobre o assunto do VTEX IO também temos essas páginas:
Espero ter te ajudado! 