estas numerações aparecem porque elas existem cadastradas para esse produto, não porque estão disponíveis em estoque. isso garante que o cliente consiga visualizar todos os possíveis tamanhos e solicite o aviso via e-mail para quando o produto estiver disponível novamente.
caso você não queira realmente que esse tamanho apareça na loja, você pode desativar o SKU referente ao tamanho que você deseja não exibir.
O que acontece é que, antes de ativar a especificação "Cor", os tamanhos indisponíveis ficavam em um cinza mais claro (exemplo em anexo).
Como não tive retorno do suporte da Vtex em relação à isso, eu desativei os SKU's que não tem mais estoque, como você mencionou. Mas o ideal seria que eles ficassem em cinza mais claro, como acontecia antes.
@Carolina Koike, complementando o que o @Nathan Prestes sugeriu, você precisa entrar em contato com a agência que desenvolve o seu front-end porque essa funcionalidade diz respeito a modificação de layout na página, não é um problema de configuração da VTEX.