Isso é um script customizado, mas sim é possível por exemplo você utilizar a função de LABEL no cadastro do sku para alimentar com o termo "thumb" por exemplo.
Então o script sempre capturaria a imagem thumb para exibir.
Outra possibilidade é cadastrar a primeira imagem do sku com a imagem que deseja exibir nas thumbs, assim não precisaria modificar o script customizado.
"Outra possibilidade é cadastrar a primeira imagem do sku com a imagem que deseja exibir nas thumbs, assim não precisaria modificar o script customizado."
Isso seria um problema pq seria também a imagem principal do produto correto?
O que o @Nathan Prestes falou sobre o Label é a melhor opção. Ele só esqueceu de comentar que você terá que criar uma Shelve Template só para esse carrossel de cores e assim ele ler o label especifico.
Pode inclusive, ler 2 labels. um "thumbs" e outro sem nada. Assim, cria um css que valide se veio a imagem da thumb, se nao veio, exibe a principal.
Mas, se tiver dificuldade com css, então faz a do label apenas e garanta que todos os produtos possuam o label no primeiro sku.