Acredito que você poderia arquitetar as categorias de outra forma como por exemplo com especificações de produto(campo produto).
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[Complemento VTEX]
Para organizar diferentes tipos de produtos ou SKUs (e utilizar filtros, como foi pontuado na pergunta), a melhor maneira seria através das especificações de produto e/ou SKU.
Por exemplo: você pode ter um tipo de balão com formato redondo em diversos tamanhos. O produto seria "balão redondo", com uma especificação de produto chamada "redondo". Ela estaria caracterizando o seu produto.
Dentro deste produto, poderia ter diversos SKUs de tamanhos diferentes, que seriam diferenciados entre si com uma variação de SKU chamada "Tamanho". Cada SKU teria uma especificação de tamanho diferente, como pequeno, médio e grande, mas todos compartilhariam a informação do produto, ou seja, "redondo".
Então, você poderia utilizar filtros de especificações de produtos e/ou de SKUs em seu site.
Compartilhamos abaixo os artigos que explicam o cenário mais interessante para cada um deles para análise da sua necessidade.
Especificação de Produto: https://help.vtex.com/pt/tutorial/configurando-campos-de-especificacao-no-produto--tutorials_271?&utm_source=autocomplete
Especificação de SKU: https://help.vtex.com/pt/tutorial/configurar-especificacoes-no-sku--2AnTdsMR60iyA0YIuq2w68
Obs: A melhor forma não seria através de categoria.
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O tamanho ou o tipo do balão é uma caracteristica do produto, não uma categoria, mas somente analisando o cenário inteiro é possível pensar em outra forma.
Respondendo a sua pergunta, uma árvore de categorias na VTEX pode ir até o terceiro nível. Ex: Departamento(primeiro nível) > Categoria(Segundo nível) > Subcategoria(Terceiro nível)
Obrigado pela resposta Nathan!
Utilizei o Campo SKU para criar alguns valores que ajudaram a filtrar os resultados na busca.