@Carla Oliveira tudo bem?
Os produtos que não estão atualizando seria os que tem estoque e ficam como esgotados? Ou os produtos esgotados estão aparecendo ao lado de produtos com estoque?
Certo nesse mesmo link você tem a opção de limpar o indexador certo?
Vai precisar limpar o indexador e logo em seguida indexar novamente.
Lembrando que ao limpa o indexador a loja ficara sem produtos até que seja tudo indexado novamente.
Sugiro fazer em um horário de menor acesso a loja.