Quando apaga-se os produtos e cadastra novamente, até a VTEX indexar, dependendo da quantidade de skus pode levar um bom tempo(uma média de 0-16hrs).
Nesse período a sua loja vai ficar sem produtos e tendo em vista que as páginas basicamente são construidas por prateleiras/informações de produto, sim sua loja vai ficar toda quebrada até a indexação ser finalizada.