Preciso criar uma promoção que o desconto se aplique a peça de menor valor, na compra de 1 sem desconto na segunda 50% no valor da peça com menor valor, como faço?

Você pode criar a promoção pelo COMPRE JUNTO, porém não há uma configuração que você informe "dê 50% no sku de menor valor", essa condição será feita na mão.

a mão onde? em que campo?

A promoção de Compre Junto você escolhe qual o sku 1 que deve ter a de 0-100%, da mesma forma que o sku 2... então você deverá saber qual sku é o de menor valor e conceder a porcentagem que deseja.

Já leu a documentação? https://help.vtex.com/tutorial/buy-together--tutorials_323

@Tatiana Barbosa​ a promoção leve mais por menos pode servir também. Ele sempre aplica o desconto ao produto de menor valor.

Tem razão Yasmin, havia esquecido deste tipo de promo

Valeu por somar :D