Olá, André
Tudo bem?
Conforme a Karina menciona, existem algumas diferenças e vantagens entre os sistemas IO e FastStore, fazendo com que ambos se destaquem por terem funcionalidades diferenciadas e avançadas.
O que acredito ser bem legal nesse caso, visando sanar sua dúvida de forma prática e objetiva, seria vocês olharem alguma loja que foi construída em IO e alguma que está em FastStore para buscar funcionalidades que mais se enquadre nas necessidades e demandas da sua loja.
Na resposta acima, temos as vantagens de cada uma, ambas são excelentes para alavancar e atualizar o seu e-commerce 
Sucesso no novo projeto!
Abçs