Oi @estevao_santos não parece ser um problema geral não, o único relato até agora desse tipo de problema que vi foi o seu, chequei inclusive a nossa caixa de chamados e não me parece ser nada generalizado não.
Você chegou a checar os logs das transações e realizar um teste bloqueando as customizações?
Oi @estevao_santos em alguns casos, nosso time pode optar por abrir um status atrelado a algum parceiro, sim, mas isso depende de diversos fatores.
Vi aqui que o status da pagar.me já se encontra normalizado, a situação na sua loja já normalizou também? As transações via pix estão funcionando normalmente?