Este es un problema conocido de MercadoPago.
Te comento @Diego Ulibarrie,
Diagnostico
Lo primero que hacemos con MP es crear un pago y eso da OK. Luego, mediante la API de búsqueda del pago que hacemos a MP nos devuelve vacío, como si el pago no existiera. Lo podes evidenciar en los mensajes de este tipo:
MercadoPago
response get by MP reference: 525364-0 response: {"paging":{"total":0,"limit":30,"offset":0},"results":[]}
MercadoPago
Message: The user has not created any payment. The GetPayment By External reference returned null or Empty..
Fijate que dice "results":[] o sea, resultado de la búsqueda de ese pago dio vacío, como si no existiera el pago, pero existe en MP.
Problema
La integración está funcionando cómo debería funcionar en el modelo definido, seguimos la estructura de los manuales de MercadoPago. El problema es que a veces se encuentra el pago y otras no, cuando debería estar siempre disponible.
Suelen haber sugerencias de que utilicemos otras APIs disponibles para hacer un workarround y resolver el problema a medias, pero ese no es el camino correcto.
No habrá modo de hacer que el pago sea aprobado en VTEX, ya que MP pierde la referencia que asocia su Pago Aprobado a nuestro Pago Pendiente.
Solución Alternativa
Dado que Meli puede ejecutar campañas de recupero de pedidos, sugiere continuar reintentando obtenerlo. Por este motivo, este pago quedará reintentando durante 192hs, o sea 8 días por default, hasta obtener el pago que necesitamos para conseguir la autorización. Ya debe estar cerca de cancelarse el pago.
Adicionalmente, como opción para reducir el tiempo de reintentos y retención del stock, si revisas la configuración de tu afiliación de MercadoPago, verás una opción llamada "Order Expiration Hours". Podrías elegir que la tx se reintente recuperar y se cancele automáticamente hasta en un plazo de 2hs hasta 48hs, según tu necesidad.
Solución Definitiva
Está en backlog de VTEX para desarrollar la nueva integración v1 para Web Checkout (también nombrado Redirect o 3P), que reemplazará esta integración en cuestión. La previsión es hasta Sep2017, cuando MP indica que la integración actual será discontinuada.
Espero haber ayudado!
Saludos